第１予選（３８チームのうち１２チームがホームアウェイの一騎打ち）
Ｇ１：タチラ(VEN)−リベルタード(PAR)
Ｇ２：フアン・アウリッチ(PER)−テコスMEX)
Ｇ３：コロン(ARG)−ウニベルシダード・カトリカ(CHI)
Ｇ４：レアル・ポトシ(BOL)−クルゼイロ(BRA)
Ｇ５：ニューウェルズ(ARG)−エメレク(ECU)
Ｇ６：ジュニオール(COL)−ラシン(URU)

第２予選以降（３２チーム、太字はトーナメント進出。リンクはグループリーグ結果一覧へ）
グループ１：コリンチャンス(BRA)　セロ・ポルテーニョ(PAR)　メデリン(COL)　ラシン(URU)
グループ２：サンパウロ(BRA) オンセ・カルダス(COL)　ナシオナル(PAR)　モンテレイ(MEX)
グループ３：エストゥディアンテス(ARG)　アリアンサ・リマ(PER)　ボリーヴァル(BOL)　フアン・アウリッチ(PER)
グループ４：ウニベルシタリオ(PER)　リベルタード(PAR) ラヌース(ARG)　ブルーミング(BOL)　
グループ５：インテルナシオナル(BRA)　セロ(URU)　デポルティーボ・キト(ECU)　エメレク(ECU)
グループ６：バンフィールド(ARG)　ナシオナル(URU)　クエンカ(ECU)　モレリア(MEX)
グループ７：ベレス(ARG)　クルゼイロ(BRA)　コロコロ(CHI)　デポルティーボ・イタリア(VEN)
グループ８：フラメンゴ(BRA)　ウニベルシダード・デ・チレ(CHI)　カラカス(VEN)　ウニベルシダード・カトリカ(CHI)
特別枠：チバス(MEX)　サンルイス(MEX)

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チバスとサンルイスは昨年の大会でトーナメント進出を決めたが、折からの新型インフルエンザ流行で相手チームがメキシコへ来るのを嫌がったため、さんざん揉めたあげくメキシコチームが大会を辞退。そこからさらに揉めたが、最終的には両チームは翌年2010年の大会にトーナメントからの特別参加ということで決着がついた。
通常枠には第１枠モレリアとインテルリーガ優勝のモンテレイがグループリーグから参加、テコスは予選から参加したが、テコスはインテルリーガ決勝の劇的な大逆転で力果てたか、その後の国内リーグとリベルタ杯予選５試合全敗という三週間の悲惨な成績とともに、あっさり敗退。
２月２７日に起こったチリ大地震によってチリ国内リーグは二週間休止状態となり、リベルタ杯への参加も危ぶまれたが、３月９日に再開したグループリーグ戦ではウニベルシダード・カトリカとウニベルシダード・デ・チレが北部コキンボのスタジアムにて対戦。試合前に被害者への黙祷を捧げ、２−２の引き分けとなった。
モレリアとモンテレイは国内リーグの成績はそこそこだったにも拘わらず、リベルタ杯ではグループリーグ敗退。チバスはＷ杯のために代表選手を抜かれた状態で、サンルイスは国内リーグ最下位という成績でトーナメントから参加。
サンルイスはあっさり敗退、チバスだけが残り、代表選手抜きの状態でもどうにか決勝まで。メキシコチーム初優勝を賭けて決勝に臨んだが、ブラジルは強かった。あえなく負けて準優勝。